咨詢委員會在教育部領導下，承擔全國大中小學心理健康工作研究、咨詢、監測、評估、科學普及、引領指導等職責。主要職責包括組織專業力量，開發適合我國大中小學特點的心理健康測評工具庫，建立完善的調研體系和監測機制，跟蹤、監控和預測大中小學生心理健康狀態；深入開展科學研究，促進各地和學校前瞻性思考、全局性謀劃、整體性推進學生心理健康工作；整合多方資源，為大中小學生提供更加專業、便捷和有效的心理健康服務；做好重要決策、頂層設計的前期研究，為政策制訂提供咨詢和決策參考意見；發揮專業優勢，分類面向學生、家長、教師等群體進行科普宣傳等。
咨詢委員會由主任委員、副主任委員、秘書長、委員組成，每屆任期4年。咨詢委員會的工作由主任委員主持，秘書處設在北京師范大學，負責咨詢委員會日常工作。咨詢委員會實行“一體+片區”組織機制，根據地理區域劃分為華北和東北片區、華東片區、華中和華南片區、西南片區、西北片區，每個片區設組長一人。
各工作片區要在組長組織帶領下，通過調研、科普宣講、義診等多種適宜方式，每學年至少組織一次覆蓋所在片區省份的重大活動，對片區大中小學生心理健康狀況進行一次評估，準確把握學生心理健康工作現狀、發展動態、存在問題及工作建議，向所在區域省級教育行政等部門和秘書處作出報告。
